Los cuestionados registros oficiales de contagiados por COVID-19 en Mayo llevaron al entonces ministro de Salud, Jaime Mañalich, a revelar que la Contraloría General de la República realizaría una auditoría para verificar el nivel de cumplimiento de los protocolos establecidos. Dicha auditoría -la Nº 283A- arrojaron resultados que el ente fiscalizador detectó que la información relativa a la cantidad de contagios registrada en la plataforma EPIVIGILA no considera la totalidad de los casos que han sido confirmados con Covid 19 por los laboratorios que practican el examen PCR. Debido a esto, la Contraloría instruyó un sumario a la Subsecretaría de Salud Pública para determinar las responsabilidades administrativas correspondientes. En el reporte diario del 9 de junio, el Minsal informó 142.759 casos notificados por los médicos en el EPIVIGILA. Sin embargo, se detectaron 34.542 casos que no estaban en el sistema, cuestión que, según afirma la entidad contralora, impidió un control efectivo del personal de fiscalización, como también imposibilitó su seguimiento como Ministro de Salud. Contraloría también describe que los resultados de los exámenes de los laboratorios enviados al Ministerio de Salud se consolidan en una planilla Excel, por cuanto no existe un sistema que automatice el procesamiento de esa información, lo cual conlleva el riesgo de que los datos pueden ser modificados o se produzcan errores en su manejo.
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